સામાન્ય રીતે એવું કહેવામાં આવે છે કે આ જગ્યા પર પહેલાંથી એક મંદિર હતું, જેને ઔરંગઝેબે તોડાવી નાખ્યું હતું અને તેના પર મસ્જિદ બંધાવી હતી. પરંતુ ઐતિહાસિક દસ્તાવેજોના આધારે આ હકીકત અંગે સ્પષ્ટ નિવેદન આપવું સરળ નથી.
કેટલાક ઇતિહાસકારોનું માનવું છે કે જ્ઞાનવાપી મસ્જિદને 14મી સદીમાં જૌનપુરના શર્કી સુલતાનોએ બંધાવી હતી. તેના માટે તેમણે અહીં પહેલેથી ઉપસ્થિત વિશ્વનાથ મંદિરને તોડાવ્યું હતું.
જોકે, શર્કી સુલતાનોએ મસ્જિદ બંધાવી હોવાના કોઈ પુરાવા નથી મળતા. તેવી જ રીતે મંદિર તોડવામાં આવ્યું હતું તે વાતના પુરાવા પણ નથી.
વારાણસીસ્થિત કાશી વિદ્યાપીઠમાં ઇતિહાસ વિભાગના પ્રોફેસર રાજીવ દ્વિવેદી કહે છે કે શર્કી સુલતાનો એટલા મજબૂત ન હતા કે તેઓ બનારસમાં પોતાની મનમાની કરી શકે.
કાશી વિશ્વનાથ મંદિરને બાંધવાનું શ્રેય અકબરના નવરત્નો પૈકી એક રાજા ટોડરમલને આપવામાં આવે છે. રાજા ટોડરમલે 1585માં અકબરના આદેશના પગલે દક્ષિણ ભારતના વિદ્વાન નારાયણ ભટ્ટની મદદથી મંદિર બંધાવ્યું હતું.
પ્રોફેસર રાજીવ દ્વિવેદી કહે છે, "શર્કી સુલતાનોએ બનારસમાં આવીને કોઈ નિર્માણકાર્ય કરાવ્યું હતું કે કોઈ બાંધકામ ધ્વસ્ત કર્યું હતું તે સમજવું મુશ્કેલ છે, કારણ કે બનારસ પોતે એક રાજ્ય હતું."
"વળી, તે જૌનપુરના શર્કી શાસકોને આધીન ન હતું. શર્કી શાસકો એટલા મજબૂત પણ ન હતા કે બનારસમાં તેઓ પોતાની મનમાની કરી શકે."
તેઓ વિશ્વનાથ મંદિરના નિર્માણ અંગેની થિયરીને માન્યતા આપતાં કહે છે, "વિશ્વનાથ મંદિરનું રાજા ટોડરમલે બંધાવ્યું હતું. તે વાતના ઐતિહાસિક પુરાવા છે અને ટોડરમલે આ પ્રમાણે બીજાં કેટલાંક બાંધકામો પણ બંધાવ્યાં હતાં."
"બીજી એક વાત, આ બાંધકામ તેમણે અકબરના આદેશથી કરાવ્યું હતું તે વાત પણ ઐતિહાસિક રીતે આધારભૂત નથી. અકબરના દરબારમાં રાજા ટોડરમલનો એટલો પ્રભાવ હતો કે તેમને આ કામ માટે અકબરના આદેશની જરૂર ન હતી."
પ્રોફેસર રાજીવ દ્વિવેદી કહે છે કે વિશ્વનાથ મંદિરનું પૌરાણિક મહત્ત્વ રહ્યું છે, પરંતુ અત્યંત વિશાળ મંદિર અહીં પહેલેથી હતું તેની ખબર પડતી નથી.
તેઓ કહે છે કે, "ટોડરમલે બંધાવેલું મંદિર પણ બહુ વિશાળ ન હતું. બીજી તરફ ઐતિહાસિક રીતે પણ એક વાતને સ્વીકારવામાં આવે છે કે જ્ઞાનવાપી મસ્જિદનું નિર્માણ મંદિર તૂટ્યા પછી થયું હતું તથા મંદિર તોડવાનો આદેશ ઔરંગઝેબે આપ્યો હતો. પરંતુ જ્ઞાનવાપી મસ્જિદના મૅનેજમૅન્ટ સાથે સંકળાયેલા લોકો આવું નથી માનતા."
2. અકબરે મંદિર-મસ્જિદ બંનેનું નિર્માણ કરાવ્યું?
જ્ઞાનવાપી મસ્જિદની સારસંભાળ રાખનારી સંસ્થા 'અંજુમન ઇંતજામિયા મસાજિદ'ના સંયુક્ત સચિવ સૈયદ મોહમ્મદ યાસીન કહે છે કે સામાન્ય રીતે એવું જ માનવામાં આવે છે કે મસ્જિદ અને મંદિર બંનેનું નિર્માણ અકબરે 1585ની આસપાસ પોતાના નવા ધર્મ 'દીન-એ-ઇલાહી' હેઠળ કરાવ્યું હતું. પરંતુ તેના જે દસ્તાવેજી પુરાવા મળ્યા તે બહુ સમય પછીના છે.
બીબીસી સાથે વાતચીતમાં સૈયદ મોહમ્મદ યાસીન કહે છે, "ઔરંગઝેબે મંદિરને તોડાવી નાખ્યું હતું, કારણ કે તેઓ 'દીન-એ-ઇલાહી'ને નકારતા હતા"
તેઓ મંદિર તોડીને મસ્જિદ બનાવાઈ હોવાની વાતને નકારતાં કહે છે, "મંદિરને તોડીને મસ્જિદ બનાવાઈ હતી એવું નથી. તે મંદિરથી બિલકુલ અલગ છે."
"અહીં એક કૂવો છે અને તેની અંદર શિવલિંગ છે તેવી વાતો પણ સાવ ખોટી છે. વર્ષ 2010માં અમે કૂવાની સાફસફાઈ કરાવી હતી. તેમાંથી કંઈ નીકળ્યું નહોતું."