સ્ટેમ્પ ડયૂટી મૂલ્યાંકન તંત્ર પણ સ્ટેમ્પ ડયૂટીની આકારણી બરાબર ન કરતું હોવાનું અને નોંધણી ફીની ગણતરી પણ યોગ્ય રીતે ન કરતી હોવાથી ગુજરાત સરકારને રૃા. ૯૯.૯૮ કરોડનું નુકસાન ગયું છે. સ્થાવર મિલકતની બજાર કિંમત નિર્ધારણ કરવા માટે એન્યુઅલ સ્ટેટમેન્ટ ઑફ રેટ્સ-જંત્રીને લગતા ૧ કેસમાં રૃા.૯૨.૧૭ કરોડની ઓછી વસૂલી કરવામાં આવી હતી. દસ્તાવેજના ખોટા વર્ગીકરણને પરિણામે સરકારને રૃા. ૨.૫૧ કરોડનું નુકસાન કરાવ્યું હોવાનું કેગના અહેવાલમાં જણાવવામાં આવ્યું છે. ૨૩ કેસમાં રૃા. ૪.૦૪ કરોડની સ્ટેમ્પ ડયૂટી અને નોંધણી ફી ઓછી વસૂલી હોવાની હકીકત તરફ પણ કેગના અહેવાલમાં ધ્યાન દોરવામાં આવ્યું છે. અમદાવાદ કલેક્ટર કચેરી હેઠળ આવેલા દસ્તાવેજોમાં જંત્રીના દર પ્રમાણે સ્ટેમ્પ ડયૂટીની ગણતરી ન કરવામાં આવી હોવાતી ૧૧.૯૧ કરોડની આવકનું નુકસાન થયું હતું.
અમદાવાદ, વડોદરા, સુરેન્દ્રનગર, મહેસાણા અને ભરૃચના ૬૩ કેસમાં રૃા. ૧૫.૦૨ કરોડની આવકનું નુકસાન કરાવ્યું હતું. રાજ્યમાં જંત્રીના અવાસ્તવિક દર હોવાથી અમદાવાદના બાવળા વિસ્તારમાં મણિભદ્ર સિક્યોરિટી સર્વિસીસ અને સુરેશ ઠક્કર તથા મણિભદ્ર સિક્યોરિટીઝ અને વરિયા એન્જિનિયરિંગ વચ્ચે થયેલા સોદામાં આવેલની રકમ અનુક્રમે રૃા. ૨ કરોડ અને રૃા. ૧૮ કરોડ લેવાઈ હતી. મણિભદ્ર સિક્યોરીટીઝ અને સુરેશ ઠક્કર વચ્ચેના સોદામાં ઓછું મૂલ્ય દર્શાવવામાં આવ્યું હતું. તેથી સ્ટેમ્પ ડયૂટીની ઓછી વસૂલાત થઈ હતી. કુલ ત્રણેક કેસમાં રૃા. ૨.૬૯ કરોડની ઓછી આવક થઈ હતી. ટી.પી. સ્કીમમાં પ્લોટની કિંમત સાથે પ્રીમિયમ વસૂલવામાં કરવામાં આવેલી ભૂલને કારણે રૃા. ૧૦૦ કરોડથી વધુ રકમનું નુકસાન થયું છે.