વિવાદો વચ્ચે હામિદ કરજાઈ બીજી વખત પાંચ વર્ષ માટે અફઘાનિસ્તાનના રાષ્ટ્રપતિ ચૂંટાઈ આવ્યાં. ચૂંટણી પંચે 2 નવેમ્બર 2009 ના રોજ તેમને પુનર્નિવાચિત જાહેર કર્યાં. 20 ઓગસ્ટના રોજ સંપન્ન થયેલા પ્રથમ ચરણના મતદાનમાં ગડબડીનો પણ આરોપ લાગ્યો.
બીજા મતદાન પહેલા કરજઈના પ્રતિસ્પર્ધી અબ્દુલ્લા અબ્દુલ્લા ચૂંટણીથી હટી ગયાં અને કરજઈએ બીજી વખત રાષ્ટ્રપતિ પદનું સુકાન સંભાળ્યું.